Karantina wilayah zona merah tetap menjadi opsi wajib untuk menekan penyebaran ke daerah lain. Di Indonesia sendiri, infeksi pertama ditemukan menyebar di area Jakarta dan sekitarnya yang diumumkan pada 2 Maret 2020. Di awal Maret, jumlah kasus di Jakarta mendominasi total kasus di Indonesia, yaitu lebih dari 90% kasus berada di Jakarta, dengan persebaran hanya ke beberapa provinsi saja. Namun, dalam hitungan minggu, sekitar 50% dari total kasus telah ditemukan di 33 provinsi lain. Survei yang dilakukan oleh Kementerian Perhubungan tahun 2019 menunjukkan bahwa 14,9 juta orang yang tinggal di Jakarta-Bogor-Depok-Tangerang-Bekasi (Jabodetabek) melakukan mudik lebaran, dimana Jawa Tengah menjadi tujuan utama (37,7%), diikuti dengan Jawa Barat (24,9%), dan Jawa Timur (11,1%).